Program studi Magister Teknik Agroindustri berdiri sejak 23 Mei 2014 berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi nomor 119/E/O/2014. Pendiriannya merupakan mandat dan satu-satunya program studi Magister Teknik Agroindustri di Indonesia bagian timur. Sistem penjaminan mutu prodi termasuk baik dengan nilai akreditsi B dari BAN-PT dan saat ini dalam proses konversi ke akreditasi Baik Sekali.